Juan García-Santacruz Ortiz nació en Navahermosa (Toledo) el 11 de enero de 1933. Fue ordenado sacerdote el 26 de mayo de 1956, y realizó los estudios eclesiásticos en Toledo (1956). También cursó estudios de Magisterio y de Filosofía, con especialidad en Psicología.
Entre otros cargos, fue párroco en varias parroquias de la diócesis de Toledo, entre ellas las de Mocejón, San José Obrero y Santiago el Mayor (1956-1987), delegado diocesano de los Migrantes (1974-1987), y responsable de Cáritas Interparroquial (1974-1979). Asimismo, fue miembro del Colegio presbiteral (1982-1992) y del Colegio de consultores (1984-1992), y Canónigo de la catedral Primada (1987-1992).
Además, fue profesor de Religión en diferentes Centros de Toledo: del Colegio Mayol (1973), del Instituto El Greco (1974-1978) y del Instituto Alfonso X el Sabio (1978-1983). Fue nombrado Obispo de Guadix el 14 de junio de 1992.
En la Conferencia Episcopal ha sido miembro de las Comisiones Episcopales de Migraciones (1993-1996), Seminarios y Universidades (1993-1996) y Apostolado Seglar (1996-2005). Desde el año 2005 y hasta 2011 ha sido miembro de la Comisión Episcopal de Patrimonio Cultural.